Acronym: CCTOP

Név: A transzmembrán fehérjék topológiáját és struktúráját feldolgozó eszközök

Webcím: http://cctop.enzim.ttk.mta.hu

Referencia: Dobson L, Reményi I, Tusnády GE. CCTOP: a Consensus Constrained TOPology prediction web server. Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1): W408-12.

(idézve: 210x)

 

 

       

 

 

Acronym: IUPred

Név: Rendezetlen fehérje régiók meghatározására szolgáló eszköz

Webcím: http://iupred.enzim.hu

Referencia: Gábor Erdős, Zsuzsanna Dosztányi: Analyzing Protein Disorder with IUPred2A, Current Protocols in Bioinformatics, 2020.

(idézve: 1600)

 

 

 

          

 

 

 

Acronym: KMPLOT

Név: Meta-analízis alapú, tumor biomarker becslésére szolgáló eszköz

Webcím: https://kmplot.com/

Referencia: B Győrffy, P Surowiak, J Budczies, A. Lánczky: Online sur-vival analysis software to assess the prognostic value of biomarkers using transcriptomic data in non-small-cell lung cancer, PLoS One, 2013.

(idézve: 1470x)

 

 

    

 

 

Acronym: IsoMut

Név: izogén mintacsoportokban előforduló egyedi mutációk (SNP, deléció, inszerció) meghatározására szolgáló eszköz

Webcím: http://www.genomics.hu/tools/isomut/isomut.html

Referencia: Pipek, D. Ribli, J. Molnár, Á. Póti, M. Krzystanek, A. Bodor, G. E. Tusnády, Z. Szallasi, I. Csabai & D. Szüts: Fast and accurate mutation detection in whole genome sequences of multiple isogenic samples with IsoMut, BMC Bioinformatics V 18, 2017.

(idézve: 21)

 

   

   

  

 

Acronym: ROC plotter

Név: génexpresszió alapján prediktív biomarkerek azonosítása és validálása szolid tumorokban

Webcím: http://www.rocplot.org

Referencia: Fekete JT, Győrffy B. ROCplot.org: Validating predictive biomarkers of chemotherapy/hormonal therapy/anti-HER2 therapy using transcriptomic data of 3,104 breast cancer patients. Int J Cancer. 2019;145 (11):3140-3151.

(idézve: 92)

 

   

            

 

Acronym: BiSearch

Név: Primer Design and Search Tool

Webcím: http://bisearch.enzim.hu

Primer tervező és ePCR-t készítő eljárás biszulfittal kezelt és nem kezelt DNS szekvenciákra (cDNS, genomiális)

Referencia: Arányi T, Váradi A, Simon I, Tusnády GE. The BiSearch web server. BMC Bioinformatics. 2006 Oct 5; 7:431.

(idézve: 240x)

 

 

   

 

Acronym: CMWeb

Név: Contact Map WebViewer

Webcím: http://cmweb.enzim.hu

Referencia: Kozma D, Simon I, Tusnády GE. CMWeb: an interactive on-line tool for analysing residue-residue contacts and contact prediction methods. Nucleic Acids Res. 2012 Jul;40(Web Server issue): W329-33.

(idézve: 34x)

  

      

 

Acronym: HMMTOP

Név: Transzmembrán régiók becslése az aminosav szekvencia alapján

Webcím: http://www.enzim.hu/hmmtop

Referencia: Referencia: GE Tusnady, I Simon: The HMMTOP transmembrane topology prediction server, Bioinformatics, 2001 - academic.oup.com

(idézve: 2777x)

 

 

     

 

Acronym: MemDis

Név: Transzmembrán fehérjékben levő rendezetlen szakaszok becslésére alkalmas eljárás

Webcím: http://memdis.ttk.hu

Referencia: Dobson L, Tusnády GE. MemDis: Predicting Disordered Regions in Transmembrane Proteins. Int J Mol Sci. 2021;22(22):12270.

   

         

 

Acronym: PolarProtPred

 

Név: Transzmembrán fehérjék polarizált sejtekben való lokalizációjának becslésére alkalmas eljárás

 

Webcím: http://polarprotpred.ttk.hu

 

Referencia: Dobson L, Zeke A, Tusnády GE.