DR. ARI ESZTER

Eötvös Loránd Tudományegyetem, TTK Biológiai Intézet, Budapest

HUN-REN Szegedi Biológiai Kutatóközpont, Biokémiai Intézet, Szeged

Kutatási területek: evolúcióbiológia, genomika, bioinformatika 

Csoportunk többféle evolúcióbiológiai, genomikai, bioinformatikai kutatást végez: Vizsgáljuk a baktériumokban található mobilis antibiotikum rezisztenciagének és a patogenitást okozó virulencia gének mobilitásának összefüggéseit. Létrehoztuk a TLink adatbázist, amely átfogó és pontos információkkal látja el a kutatókat a transzkripciós faktor - célgén interakciókról, a transzkripciós faktor kötőhelyek nukleotid szekvenciájáról és azok genomi elhelyezkedéséről az ember és hat fő model organizmus tekintetében. A hazai SARS-CoV-2 vírusgenomokat a világ más országaiban izolált vírusváltozatokhoz hasonlítottuk, és evolúciós törzsfát építettünkünk, melynek segítségével kideríthető az egyes hullámok időbeli és térbeli eredete. Fejlesztjük a mulea (multi enrichment analysis) és a muleaData R csomagokat, melyek segítségével sokoldalú funkcionális dúsulási analíziseket végezhet a felhasználó.

PROF. DR. BAGDY GYÖRGY

Semmelweis Egyetem, Gyógyszerhatástani Intézet, Neuropszichofarmakológiai Kutatócsoport, Budapest

Kutatási terület: A gyakori, komplex pszichiátriai és neurológiai betegségek kialakulásában szerepet játszó örökletes és környezeti faktorok, valamint biológiai útvonalak azonosítása új gyógyszercélpontok és terápiás lehetőségek azonosítására.

Azokra a betegségekre koncentrálunk, amelyeket mind az örökletes, mind a környezeti faktorok jelentősen befolyásolnak. Ilyenkor a hagyományos (pl. GWAS) megközelítések kevéssé alkalmazhatóak, így részletes adatokra, komplex modellek felállítására és tesztelésére, hagyományos módszerekre és a mesterséges intelligencia alkalmazására egyaránt szükség van. 2022-től a depresszióra és a migrénre fókuszálva a betegségek pathofiziológiájában szerepet játszó új biológiai útvonalak szerepének összehasonlításán dolgozunk.

DR. BÁLINT BÁLINT LÁSZLÓ

Debreceni Egyetem, Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet, vendégkutató, Debrecen 

Kutatási területek: epigenetika, funkcionális genomika

Az epigenetikai öröklődés fizikai hordozói a kromatin szintjén módosítják a gének kifejeződését. Kutatásaim célja megismerni és kiaknázni a génexpresszió kromatin szintű szabályozásának folyamatait az onkológiai kórképek kialakulásában és kezelésében. Ebből a célból a génexpresszió szabályozásában kritikus elemek jelentőségét vizsgálom daganatos sejtekben és izogenikus sejtekben. Célom a rendelkezésre álló adatok multiomikai integrálása és ezáltal a kritikus génexpressziót szabályozó elemek azonosítása.

DR. BARTA ENDRE

Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem, Genetika és Biotechnológia Intézet 

Debreceni Egyetem, Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet

Kutatási területek: mezőgazdasági genomika, génszabályozás, funkcionális genomika, bioinformatika

Gödöllői munkacsoportomban elsősorban a háziállatok genomikájával foglalkozunk. Korábban meghatároztuk, elemeztük a hazai mangalica fajták genomjait. Elsőként Magyarországon de novo összeraktuk egy emlősállat, a gímszarvas teljes referencia genomszekvenciáját. Populáció genomikai módszerekkel vizsgáljuk a házi- és üregi nyulakat.  Az Európai Referencia Genom Atlasz (ERGA) pilot projekt keretében összerakjuk az aranysakál referencia genomját. Debreceni egyetemi csoportommal a génszabályozást vizsgáljuk genomszinten, Big Data bioinformatikai módszerekkel. Nagy mennyiségben dolgozunk fel publikus ChIP-seq adatokat. Eredményeinket a ChIPSummitDB adatbázisban gyűjtjük. Az adatokból próbáljuk megállapítani, hogy az egyes fehérjék hol, milyen sorrendben, és miért kötődnek pont ott a DNS-en. Az Elixir-en belül alapító tagja vagyok a Biodiverzitás közösségnek.

ELIXIR részvétel: Technikai koordinátor, Biodiversity Community

PROF. DR. BARTA ZOLTÁN

Debreceni Egyetem, TTK Evolúciós Állattani és Humánbiológiai Tanszék, Debrecen

Kutatási területek: utódgondozás genetikai hátterének vizsgálata bogarakban; természetvédelmi adatok ökoinformatikai elemzése. 

A korai, idilli nézettel szemben az utódgondozás során a szülők között jelentős érdekellentétek feszülnek, melyek feloldása nem triviális. Kutatásaink során korábbi elméleti vizsgálatainkra támaszkodva genomikai, transzkriptomikai módszerekkel próbáljuk feltárni ezen ellentét megoldását segítő mechanizmusokat egy új bogármodellrendszerben, a nagyfejű csajkóban.

A természetvédelem működése során hatalmas mennyiségű térben referált bionikai adat keletkezik, mely feldolgozása, nem beszélve annak értelmezéséről, nem megoldott. Vizsgálataink során modern adatbányász módszereket alkalmazva próbáljuk felmérni ezen adathalmaz prediktív alkalmazásának lehetőségét.

PROF. DR. BÖDÖR CSABA

Semmelweis Egyetem, Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet Budapest

HCEMM-SE Molekuláris Onkohematológia Kutatócsoport, Budapest

Kutatási területek: molekuláris onkohematológia, daganatgenomika

A Molekuláris Onkohematológia Kutatócsoport (Semmelweis Egyetem, Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet) különböző lymphomák és leukémiák esetében végez genomikai és transzkriptomikai kutatásokat, valamint diagnosztikus fejlesztéseket a legkorszerűbb újgenerációs szekvenálási és bioinformatikai eljárások alkalmazásával. A kutatások célja a betegségek lefolyásával és különböző célzott terápiákra adott válaszkészséggel kapcsolatba hozható biomarkerek azonosítása, valamint a terápiák szelekciós nyomásának hatására kialakuló klonális evolúció időbeli és térbeli aspektusainak feltérképezése.

PROF. DR. CSABAI ISTVÁN

Eötvös Loránd Tudományegyetem, TTK Fizikai Intézet, Budapest

Kutatási területek: genomika, BigData, mesterséges intelligencia

Csoportunk kutatásainak középpontjában az adatintenzív bioinformatikai kutatások állnak. Számos hazai és európai projekt keretében részt veszünk rákgenetikai vizsgálatokban, környezeti minták metagenomikai elemzésében, molekuláris öregedéskutatásban, járvány-genetikai vizsgálatokban. Munkánk során az élenjáró bioinformatikai elemző szoftverek mellett nagymértékben használjuk a modern gépi tanulás eredményeit is, és arra törekszünk, hogy az alapkutatási eredmények minél hamarabb hasznosuljanak az egészségügyi gyakorlatban.

ELIXIR részvétel: Platforms, BY-COVID 

PROF. DR. CSIKÁSZ-NAGY ATTILA

Pázmány Péter Katolikus Egyetem, Információs Technológiai és Bionikai Kar, Budapest

Fő kutatási területek: rendszerbiológia, molekuláris hálózatok szimulációja, adatintegráció

A Molekuláris és Celluláris Hálózatok Rendszerbiológiája Kutatócsoportban a sejteken belüli molekuláris és a sejtek közötti celluláris interakciók hatására lejátszódó folyamatok térbeli és időbeni változásának megértéséhez kombináljuk a számítógépes rendszerbiológiai modellezési technikákat kísérleti módszerekkel. A molekuláris interakciós hálózatok kapcsolási rajzait matematikai egyenletekké alakítjuk, és azokat elemezzük, hogy megértsük a vizsgált rendszer fiziológiai viselkedését. Főleg proteomikai adatokat használunk modelljeink felépítéshez, de multi-omikai adatintegrációt is végzünk. A fő kutatási kérdéseink a sejtnövekedés és a sejtosztódás szabályozásával hozhatóak kapcsolatba. Több kísérleti laboratóriummal együttműködünk, amelyek a modellek felállításához szükséges adatokat és platformot kínálnak modelljeink előrejelzésének tesztelésére. Továbblépve, a közelmúltban létrehoztuk saját kísérletes laboratóriumunkat, ahol különböző élesztő törzsek közötti sejt-sejt kölcsönhatásokat vizsgálunk, és ezen eredményeinket kombináljuk legújabb modelljeinkkel.

PROF. DR. CSŐSZ ÉVA

Debreceni Egyetem ÁOK, Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet, Debrecen

Kutatási területek: biomarker-kutatás, proteomikai és metabolomikai technikák fejlesztése, komplex adatelemzés

Kutatócsoportunk fő célja a nem invazív módon gyűjthető testfolyadékok (könny, nyál, verejték) proteomikai és metabolomikai tanulmányozása és potenciális biomarkerek azonosítása. Ehhez proteomikai és metabolomikai módszereket fejlesztünk és optimalizálunk, és ezeket alkalmazzuk biológiai rendszerekre. Fontos a kapott adatok komplex, hálózatalapú és rendszerbiológia-szemléletű értelmezése, ezáltal minél több releváns biológiai információ kinyerése a begyűjtött adathalmazból. Kutatócsoportunk részt vesz az ELIXIR Proteomics által koordinált, 11 országból 13 kutatócsoport részvételével történő megvalósítási tanulmányban, amelynek célja az adatbázisokban levő proteomikai adatok újra hasznosítása. A kutatómunka mellett fontos a PhD és TDK hallgatók képzése és a megszerzett tudás továbbadása az érdeklődőknek.

ELIXIR részvétel: Képzési koordinátor, Proteomics

DR. DOSZTÁNYI ZSUZSANNA

Eötvös Loránd Tudományegyetem, TTK Biokémia Tanszék,  Budapest 

Kutatási területek: fehérje szekvencia predikció, gépi tanulás, rendezetlen fehérjék, fehérje-fehérje kölcsönhatás

2014-től vezetem az MTA Lendület pályázat támogatásával megalakult Bioinformatikai Kutatócsoportot az ELTE TTK Biokémia Tanszékén.

Fő kutatási területünk az eredendően rendezetlen fehérjék bioinformatikai és mélytanulásos módszerekkel. Ehhez kapcsolódóan fejlesztünk különböző predikciós módszereket, végzünk számítógépes biológiai vizsgálatokat, illetve közreműködünk különböző adatbázisok kifejlesztésében is. Célunk az, hogy megérthessük azt, hogy hogyan képesek a rendezetlen fehérjék alapvetően fontos biológiai funkciójukat ellátni, mutációjuk hogyan vezet különböző betegségekhez, például rákhoz, illetve neurodegeneratív betegségekhez, illetve hogy lehet ezeket a fehérjéket felhasználni újfajta gyógyszermolekulák tervezéséhez. Aktívan részt veszünk az ELIXIR Intrinsically Disordered Proteins közösségében annak érdekében, hogy az ELIXIR céljaival összhangban jobban láthatóvá, elérhetővé, átjárhatóvá tegyük a különböző, fehérje rendezetlenséghez kapcsolódó eszközöket.

ELIXIR Community részvétel: Intrinsically Disordered Protein, Training Platform

DR. FEKETE JÁNOS TIBOR

Semmelweis Egyetem, Bioinformatika Tanszék, Budapest

Kutatási terület: transzkriptom alapú prediktív biomarkerek szolid tumorokban

A kutatásaim fókuszában a prediktív biomarkerek állnak. A három éve indult ROC Plotter projekt célja az, hogy egy webalkalmazáson keresztül, az adatokat egységes szerkezetben kezelve összefüggéseket keressünk az egyes gének expressziója és a terápiás válasz között. Az alkalmazás emlő-, méhnyak-, kolorektális tumor, valamint glioblasztomás betegek génchip és újgenerációs RNS méréseken alapuló forrásadatait használja. Az alkalmazás segítségével lehetőséget kívántunk biztosítani arra, hogy kísérletes eredmények független, külső validációját biztosítsuk a kutatóközösség számára. A honlap (www.rocplot.org) további szolgáltatása, hogy saját adatokból is lehetséges ROC analízis elvégzése, így további statisztikai szoftverek felhasználása nélkül is lehetséges kísérletes eredmények gyors kiértékelése.

ELIXIR részvétel: GALAXY Platform

DR. GARAMSZEGI LÁSZLÓ ZSOLT

Ökológiai Kutatóközpont, Ökológiai és Botanikai Intézet, Evolúciós Ökológia Kutatócsoport, Budapest

Kutatási területek: klímaváltozás és (újonnan) felbukkanó betegségek - citizen science: www.szunyogmonitor.hu; akusztikus kommunikáció és a kulturális evolúció

A társadalom széles körű bevonásával és innovatív technológiák (pl. mobilapplikációk) segítségével gyűjtünk nagymennyiségű adatot az ország minden pontjáról, majd kifinomult bioinformatikai, gépi tanulási módszereket alkalmazva nyerünk folyamatos információt az újonnan megjelenő kórokozók aktuális elterjedéséről. Az örvös légykapó modellfajon gyűjtünk hosszú távú adatokat annak érdekében, hogy megértsük a madárének ivari kiválasztódásban betöltött szerepét és a populáció szintjén térben és időben megmutatkozó dinamizmusokat.

DR. GÁSPÁRI ZOLTÁN

Pázmány Péter Katolikus Egyetem, Információs Technológiai és Bionikai Kar, Budapest

Kutatási területek: fehérjeszerkezet, szerkezet-dinamika kölcsönhatás

A kísérletes vizsgálatok mellett kiemelten foglalkozunk a fehérjék belső dinamikáját tükröző fehérjeszerkezeti sokaságok előállításával és elemzésével, elsősorban NMR-spektroszkópiai adatokra támaszkodva, valamint egyes fibrilláris szerkezeti motívumok vizsgálatával. Funkcionális oldalról fő érdeklődési területünk a szinaptikus jelátvitelben részt vevő, elsősorban a posztszinaptikus denzitás felépítésében szerepet játszó egyes fehérjék szerkezeti-dinamikai vizsgálata, illetve kölcsönhatásaik modellezése.

ELIXIR részvétel: Képzési koordinátor

DR. GYENESEI ATTILA

Pécsi Tudományegyetem, Szentágothai János Kutatóközpont, Pécs

Kutatási területek: biomarker azonosítás, big data, biostatisztika

A vezetésem alatt álló Bioinformatikai kutatócsoport és a korszerű műszerezettséggel és szakembergárdával működő Genomika és Bioinformatika Core Facility kutatásainak középpontjában egyrészt a biotechnológia területén végbemenő fejlődés nyújtotta lehetőségek kiaknázása, másrészt ennek egyik fő következménye, az eddig soha nem látott mennyiségben és részletességben rendelkezésre álló biológiai és orvosi adatmennyiség elemzése áll. A két terület gyakorlati összekapcsolása és korszerű bioinformatikai módszerek alkalmazása lehetőséget nyújt a molekuláris szintű biológiai folyamatok jobb megértésében és ezen biológiai ismeretek alkalmazásában az orvoslásban, az iparban és a mezőgazdaságban. Mindezek mellett kiemelt célunk kezdettől a bioinformatika és biostatisztika előmozdítása a Pécsi Tudományegyetemen, az itt dolgozó kutatócsoportok segítése, valamint kutatói és infrastrukturális pályázatokban való aktív részvétel. Reményeink szerint ezzel lehetővé válik a kutatásokból származó nagy tömegű adatok, információk feldolgozása, elemzése, továbbá növekedhet a kutatási aktivitás, a kollaborációk száma, nő a pályázatokban való részvételi lehetőség. Mindezek mellett a különböző genetikai és klinikai multi- faktoriális betegségek jellemzésével és biomarker-elemzéssel foglalkozunk, elsősorban hipotézisfüggetlen, adatbányászat- és mesterséges intelligencián alapuló eljárások alkalmazásával és fejlesztésével.

ELIXIR részvétel: Technikai koordinátor 

PROF. DR. GYŐRFFY BALÁZS

Természettudományi Kutatóközpont, Enzimológiai Intézet, Onkológiai Biomarker kutatócsoport, Budapest

Kutatási terület: az onkológiai betegségekben a várható klinikai lefolyást előre jelző új molekuláris markerek azonosítása, valamint a terápiával szembeni rezisztencia biomarkereinek vizsgálata.

Az onkológiai bioinformatika terén a kutatócsoportunk több mint tíz külföldi egyetemmel folytat együttműködést, köztük a Yale, Stanford, John Hopkins Egyetemekkel (USA), valamint az Imperial College, pekingi, berlini, lyoni, calabriai, barcelonai egyetemek kutatóival, aminek eredményeként számos közlemény jelent már meg nívós tudományos lapokban (Nature Medicine, Cancer Discovery, Nature Communications, Cell Metabolism, PNAS, EMBO, Cancer Research stb.) A csoport innovatív szemléletének köszönhetően számos szabadon elérhető online adatelemző rendszer került publikálásra (pl. KM-plotter, TNM-plotter, ROC-plotter, scientometrics.org).

ELIXIR részvétel: az ELIXIR Magyarországi csomópontjának a vezetője

PROF. DR. HARRACH BALÁZS

Állatorvostudományi Kutatóintézet, Molekuláris Virológia témacsoport, Budapest

Kutatási területek: házi és vadállatok vírusai, vírusgenetika, filogenetikai számítások, vírustaxonómia

Kutatócsoportunk vizsgálja a gazdasági, kedvenc és vadállatok vírusainak diverzitását, genomját, biológiáját, törzsfejlődését és kimutatási lehetőségüket. Következtetünk a gazdák és vírusaik koevolúciójára, a korábbi gazdaváltásokra, kutatjuk a vadon élő állatok (pl. denevérek, majmok) potenciálisan embert és háziállatokat fertőző vírusait. A vadállatmintákat Dél-Amerikától Új-Zélandig terjedően küldik. Eredményeinket a Nemzetközi Vírusrendszertani Bizottságban végzett munkában fordítjuk hivatalos taxonómiává.

PROF. DR. HORVÁTH PÉTER

Szegedi Biológiai Kutatóközpont, Biokémiai Intézet, Szeged

Kutatási területek: molekuláris biológia, rendszermikroszkópia

Főállásban a Szegedi Biológiai Kutatóközpont Biokémiai Intézetének igazgatója vagyok, valamint a Helsinki Egyetemen működő FIMM-ben (Finnish Institute for Molecular Medicine) kutatócsoport-vezető, Finland distinguished professor és a High-content analysis egység igazgatója. A Szegedi Tudományegyetemen szereztem programtervező matematikus diplomát (2003), majd a Nizzai Egyetemen PhD fokozatot (2007), amely során az INRIA-n műholdkép-feldolgozó alkalmazásokat fejlesztett. A PhD-fokozat elnyerése után 7 évig a Zürichi Műszaki Egyetemen (ETH, Eidgenossische Technische Hochschule) dolgoztam docensként, a számítógépes sejtbiológiai kutatások területén. Hét éve tértem haza, a Szegedi Biológiai Kutatóközpont Biokémiai Intézetébe, és ugyanekkor kezdtem párhuzamosan dolgozni a FIMM-ben. Az elmúlt években megalapítottam a szegedi és a helsinki-beli BIOMAG kutatócsoportokat, amelyekben együttesen mintegy 30 fő dolgozik. Kutatócsoportjaink sejtek nagy felbontású térbeli vizsgálatára alkalmas, általuk kifejlesztett rendszermikroszkópia segítségével biológiai problémákra adnak számítógépes algoritmusokkal támogatott megoldást. Eredményeinket a legmagasabb tudományos fórumokon közlik (Nature Methods, Nature Communications, NRDD, Science, stb.). Kutatásainkkal a COVID-19-betegség elleni harcban is aktívan részt veszünk.

DR. KENESSEY ISTVÁN

Országos Onkológiai Intézet, Budapest

Kutatási területek: onkológia, epidemiológia, minőségbiztosítás

A Nemzeti Rákregiszter és Biostatisztikai Központ a hazai daganatos betegek adatait gyűjti és dolgozza fel. Célunk amellett, hogy adatokat szolgáltassunk az onkológiai betegségek epidemiológiai helyzetéről, visszajelzést adjunk az egészség- ügyi ellátóknak és a Nemzeti Egészségbiztosítási Alapkezelőnek valamint az Emberi Erőforrások Minisztériumának, hozzájárulva az ellátás minőségbiztosításához, illetve az onkológiai hálózat fejlesztéséhez. Szorosabb kutatási területünket képezi a daganatos epidemiológiai helyzet változása és a trendek leírása, illetve az egyes betegségek túlélésében történő változás és ennek hátterében lévő okok feltárása.

DR. KÓS PÉTER